Miután letett az angliai invázióról, Hitler kelet felé tekintett. 1941 februárjában jóváhagyták a Barbarossa-hadműveletet, a Szovjetunió elleni támadás tervét. Előtte azonban rendezni kellett a balkáni helyzetet. 1940. október végén ugyanis az olasz csapatok Albániából kiindulva megtámadták Görögországot. Mussolini a hadjárat megindításáról nem tájékoztatta a németeket; ezzel azt kívánta jelezni, hogy Olaszország Németországgal egyenrangú nagyhatalom (korábban Hitler sem adott előzetes tájékoztatást az olaszoknak, és ez sértette a Ducet). A három olasz hadosztály - a Ferrara, a Centauro és a Siena - a tengerpart mentén indította meg az offenzívát, a Giulia, a Parma és a Piemonte hadosztály célja pedig az volt, hogy Makedónián keresztül elérje Theszalonikinél az Égei-tengert. November 5-én azonban az olasz támadás elakadt, a görög haderő pedig november 14-én ellentámadásba ment át és bekerítéssel fenyegette az olasz balszárnyat, amelyet Albániába kellett visszavonni. Decemberre az olaszokat teljesen sikerült visszaszorítani, és a frontvonal már albán területen húzódott. Az olasz-görög konfliktusban Jugoszlávia semlegesnek nyilvánította magát, de a németek erős diplomáciai erőfeszítéseket tettek, hogy a délszláv államot a tengelyhatalmak mellé állítsák. (Részben ennek részeként született meg a magyar-jugoszláv „Örök barátsági szerződés is” december 12-én.) 1941. március 25-én Jugoszlávia csatlakozott is a Háromhatalmi Egyezményhez. Két nappal később azonban államcsíny történt Belgrádban, és a Simovic tábornok vezetésével megalakult új kormány érvénytelenítette a csatlakozást.

A németek a már a szovjet határok felé felvonuló csapataikból jelentős erőket (mintegy 35 hadosztályt) csoportosítottak át a balkáni hadjáratra. A támadás két fő irányból, Bulgáriából és Magyarországról indult április 6-án, List, Dietrich és Richthofen tábornokok irányítása alatt. (Teleki Pál magyar miniszterelnök látva, hogy nem képes megakadályozni az ország végleges besodródását a háborúba a németek oldalán, április 3-án öngyilkos lett). A németek napok alatt elfoglalták Belgrádot, amit súlyos légitámadás is ért. Április 10-én kikiáltották az önálló Horvátországot; az Ante Pavelic vezetésével megalakult usztasa állam lényegében német-olasz gyámság alatt állt. Április 15-én a Bulgária felől és az északi irányból előrenyomuló német páncélos oszlopok találkoztak az Ohridi-tavaknál, majd görög területre lépve folytatták az offenzívát, áttörték a határ mentén húzódó Metaxas-vonalat, és három nap alatt elfoglalták Athént. Április 17-én a jugoszláv haderő letette a fegyvert. Időközben Görögországba brit csapatok érkeztek, amelyek a Korinthoszi-csatorna mentén próbáltak védelmi vonalat kialakítani (itt a legkeskenyebb a félsziget), a gyorsan támadó németek azonban két nap alatt áttörtek, és április 21-én Görögország is megadta magát, a briteket kivonták. II. György király Angliába menekült.

A hadjárat utolsó epizódjaként májusban mintegy 6000 ejtőernyőssel – súlyos veszteségek árán – a németek elfoglalták Krétát. Ez volt a világ első kizárólag ejtőernyősökkel végrehajtott hadművelete. A támadást 1941. május 20-án indították meg a németek.A hadműveletet a Luftwaffe irányította,és a 4.légiflotta alá rendelt XI.légihadtest – tulajdonképpen légideszant erő – és a VIII. légihadtest hajtotta végre a haditengerészettel karöltve. A hadművelet jelentősen befolyásolta a további ejtőernyős alakulatok és akciók fejlesztését, így a német légierő vezetői különösen nagy hangsúlyt fektettek az akció megtervezésére és kivitelezésére.

A németek több szempontból is hátrányból kezdték a hadműveletet. A korábban az angliai invázióra begyakoroltatott 7. ejtőernyős hadosztályból és 22.légideszant hadosztályból felállított XI. légihadtest a krétai hadművelet előtt szétválasztotta, és részeit külön alkalmazta. A nehézfegyverzettel is rendelkező 22. légideszant hadosztályt a Romániában fekvő Ploieşti olajmezők közvetlen biztosítására alkalmazták, szárazföldi erőként, és nem engedték részt venni a krétai invázióban. John Lucas angol hadtörténész szerint a szárazföldi erők vezérkara nem volt hajlandó egy hadosztályt átadni a Luftwaffénak, vélhetőleg ez a haderőnemek közti presztízsharc állt a hadművelethez szükséges erő elvonása mögött. Így a németek kénytelenek voltak a 22. légideszant hadosztály helyett az 5. hegyivadász hadosztályt bevetni, amely könnyűfegyverzettel volt ellátva és alkalmas volt légiszállításra, ám még nem rendelkezett légideszant-hadműveleti tapasztalatokkal és speciális fegyverzettel. Emiatt csupán egy vitorlázógépeken deszantolható rohamezred állt Kréta ellen a németek rendelkezésére, 70 könnyűvitorlázógéppel felszerelve. Nehézvitorlázógépeket a németek nem alkalmaztak. A hegyivadász hadosztály csak kis részét tudták elszállítani a jó öreg Tante Ju-k,azaz a hárommotoros Ju-52-esek, a nagyobb részét – 7000 katonát és a nehézfegyverzetet – tengeri úton próbálták a szigetre juttatni. Ismeretlen okokból sem a német sem az olasz fél nem rendelkezett a szállításra betervezett hajókapacitással, így kénytelenek voltak azt a görög kikötőkben horgonyzó,civil tulajdonosaiktól elrekvirált vitorlásokkal pótolni. Az ezeken a "lélekvesztőkön" bezsúfolt 5. hegyivadász hadosztály, egy gépkocsizó hadosztály, légelhárító egységek és egy harckocsi hadosztály csekély olasz tengeri támogatással az oldalán indult útnak. Bár a hadművelet végül látványos sikerrel zárult, a légideszant-alakulatok – lényegében az utánpótlás elégtelensége miatt – olyan súlyos veszteségeket szenvedtek, hogy azt (minőségileg) a háború végéig sem sikerült pótolni.